Rada Muzeum jest organem opiniodawczo-doradczym, powołanym zgodnie z ustawą o muzeach. Wspiera działania dyrektora muzeum, opiniuje plan działalności, budżet, programy rozwoju i współpracuje przy tworzeniu strategii instytucji. Członków Rady Muzeum powołuje i odwołuje Sejmik Województwa Warmińsko – Mazurskiego.